Las funciones de la Contraloría General del Quindío se enmarcan en el cumplimiento de las funciones que le fueron dadas por la Constitución Política y las leyes, funciones que posicionan a la entidad como el ente de control fiscal por excelencia dentro del Departamento del Quindío; dentro de sus funciones tenemos las siguientes:

1-Realiza Control Fiscal a sus sujetos de control como son: el Departamento del Quindío y sus municipios, las Empresas departamentales de orden descentralizado, Empresas Industriales y Comerciales del Estado, Empresas Sociales del Estado – ESE einstituciones educativas. 
2-Ejecuta el Control a la Gestión Ambiental
3-Promueve la Efectiva Participación Ciudadana
4- Adelanta los Procesos de responsabilidad fiscal, sancionatorios y acciones de cobro coactivo